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密旨的授权下开始了对湘军的财政调查。就在马新贻即将把太平天国财富去向弄清楚的时候，“刺马”案突然发生。
后世史家，多持湘军“刺马”说。认为至少有如下三个理由，令湘军必“刺马”而后快：
第一、湘军自186~4年攻下太平天国首都“天京”（也就是江宁，今南京）后，就视两江为自己的地盘。但朝廷却不容湘军坐大，1868年把曾国藩由两江总督调任天子脚下的直隶总督，派不属湘军系统的马新贻继任，并落实裁撤湘军。
其时马新贻不过47岁，资望既浅，又无显赫军功。纯是朝廷为了制衡湘军势力培养出来的政治新贵，湘军中人，如何容得下这根“眼中钉”？
第二、几万湘军士卒被裁撤后，其中不乏将领。这些人并不回乡务农，而是到处游荡掳掠，有些人参加了“哥老会”（又称“袍哥”，源于四川，是近代中国活跃于长江流域，声势和影响都很大的一个秘密结社组织，传说中是“天地会”的分支），这样就扩大了黑势力，成为社会的一大公害。
马新贻在惩治散兵游勇时非常严厉，尤其是他任命以剽悍著称的袁保庆为营务处总办，抓到为害百姓的散兵游勇即就地~正~法。散兵游勇对他恨之入骨。
第三、有闻马新贻奉有慈禧太后密旨，要他追查太平天国宝藏下落。太平天国在天京经营十年，积聚金银财宝无数。清廷本指望在攻克天京后，以这笔财富填补历经十多年内外征战空虚已久的国库。
岂料天京在被湘军“九帅”曾国荃率军围困四十余天陷落后，这笔财宝却不翼而飞。有传闻指曾国荃攻进天京后，纵兵将天王府抢劫一空，然后一火焚之。
事后，湘军中人多有回乡购田置地，大起豪宅的。当时朝廷曾让时任两江总督的曾国藩查报太平天国国库的下落，曾国藩却只对以天王府已被大火焚毁，瓦砾全无。而马新贻要调查此事，不被杀人灭口才怪。
马新贻被刺后，执掌朝政的慈禧太后和恭亲王显然看出了一些端倪，急调湘军老祖宗曾国藩回两江坐镇，以防局面变坏。但曾国藩态度却很奇怪，两度上折称病请辞江督。
当时在直隶总督任上的曾国藩正为办理“天津教案”焦头烂额，国人责他媚外，洋人责他惩办不力。
如能调任江督，正可顺理成章脱离这个里外不是人的尴尬境地，而曾国藩竟想赖在天津不走，除非他认为，“刺马案”比“天津教案”更麻烦，更尴尬。
虽然曾国藩屡辞不获之下，又受了朝廷几顶夸他“老成持重，前在江南多年，情形熟悉，措置咸宜”等高帽，不得不勉强赴任，却是一路拖延。抵达江宁后，每天不过会客看书，也并不急着审案。
而后来在与郑敦谨共同审案的过程中，曾国藩又往往沉默寡言，极少发问。郑敦谨进行了将近半个月的审讯后，曾国藩不过是淡淡的提示郑敦谨，恐怕案子还得象以前那样奏结。曾国藩的消极态度中有什么样的隐情，耐人寻味。
最终，因曾国藩一个“实无指使别情”的奏片，朝廷中止了追求“刺马”案真相的努力。这句话虽是“此地无银三百两”，但出自勋高柱石的曾国藩，力量非同小可，无非告诉朝中军机大臣：不要再问了，问下去就没什么好结果了。
自始至终，可以说朝廷一直力主“刺马”案另有主使，并且不断降旨以推动审讯工作，前后参加审讯的官员多达五十余人。
但直到最终，也没有审出幕后主使，朝廷迫不得已接受了审讯结果，只有以死后哀荣来安抚马家后人，上谕赏加马新贻太子太保衔，照总督阵亡例赐恤，入祀贤良祠，列国史传，并赐谥号“端愍”，意思是为官清正，死得可惜。
其子马毓桢加恩赏给主事，分刑部学习行走。其后代子子孙孙可世袭“骑都尉兼云骑尉”的职位。又令在马新贻曾经为官的江宁、庐州等地及其家乡荷泽建立专祠，春秋官为之致祭。这些恩赐总算仁至义尽。
坊间传闻四起，说什么的都有，有说张文祥其实是反清义士。曾经是跟随太平天国的一些小组织小势力里的人，杀马新贻乃是杀身成仁的壮举，有说马新贻在江宁敛夺财物，抢了张文祥家的祖宅，更有桃色的说法，说是张文祥的娇妻被马新贻所抢！总之说什么的都有，社会上传的一片乌烟瘴气。